জাতীয় কন্যাশিশু এডভোকেসি ফোরামের সাংগঠনিক কাঠামো দ্বি-স্তর বিশিষ্ট।
ক) সাধারণ পরিষদ
খ) কার্যনির্বাহী পরিষদ
সকল সাধারণ সদস্য নিয়ে সাধারণ পরিষদ গঠিত। সাধারণ সদস্যপদ গ্রহণে কেবলমাত্র সেই সকল সংগঠন বা ব্যক্তি আবেদন করতে পারবে যারা নারী ও কন্যাশিশুদের অধিকার প্রতিষ্ঠায় বিভিন্ন কার্যক্রম পরিচালনা করেন। সাধারণ পরিষদের প্রত্যেক সদস্য ফোরামের বিধিমালা মোতাবেক নির্বাচনে একটি করে ভোট দিতে পারেন।
প্রতি দুই বছর পর সাধারন সদস্যদের সরাসরি ভোটে ফোরামের কার্যনির্বাহী পরিষদ গঠিত হয়। কার্যনিবাহী পরিষদ মূলত সাধারন পরিষদ কর্তৃক গৃহীত সিদ্ধান্তসমূহ বাস্তবায়ন করে থাকে। উল্লেখ্য যে, ফোরামে তিন ধরনের সদস্য রয়েছে, যেমন- সাধারণ পরিষদের সদস্য, নির্বাহী পরিষদের সদস্য এবং দাতা সদস্য। সকল সদস্যই সামাজিক দায়বদ্ধতা ও স্বেচ্ছাশ্রমের ভিত্তিতে কার্যক্রম পরিচালনা করে।
স্থানীয় ও কেন্দ্রীয় পর্যায় থেকে ফোরামের কার্যক্রম পরিচালিত হয়। স্থানীয় পর্যায়ে গড়ে উঠা কাঠামো, চ্যাপ্টার কমিটি নামে পরিচিত। নির্বাহী কমিটির সহযোগিতা ও পরামর্শ সাপেক্ষে চ্যাপ্টার কমিটি সম্পূর্ণ আত্মনির্ভরশীলতার ভিত্তিতে পরিচালিত হয়। জেলা, উপজেলা এবং ইউনিয়ন পর্যায়ে এই চ্যাপ্টার কমিটিসমূহ গড়ে উঠে। বর্তমানে জেলা পর্যায়ে ২৯টি; উপজেলা পর্যায়ে ৫২টি এবং ইউনিয়ন পর্যায়ে ১৭১টি চ্যাপ্টার কমিটি গড়ে উঠেছে।